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《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）和《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）下发后，各地税务机关反映，代征货物运输业新办企业的企业所得税由国税局负责征收管理，地税局负责代开货物运输发票，企业按照法律法规规定应退的企业所得税，是由国税局办理退税，还是由地税局办理退税政策规定不明确。经研究，现通知如下：
一、由国家税务局负责征收管理企业所得税，但由地方税务局负责代开货物运输发票并统一代征税款的货物运输业代开票纳税人，其按照法律法规规定应退的企业所得税，退税事项由主管国家税务局办理，可直接抵缴该纳税人次年应纳企业所得税，也可在汇算清缴后办理退税，退税额不超过纳税年度主管国家税务局对其已征的企业所得税税额；超出部分，由代开货物运输发票的地方税务局办理退税事项。
二、上述纳税人的退税事项在每年汇算清缴时予以结算办理。
三、根据《国家税务总局关于印发〈核定征收企业所得税暂行办法〉的通知》（国税发[2000]38号）有关规定，对实行核定征收企业所得税的纳税人，因代开货物运输发票而缴纳的税款，主管税务机关不予退税。
四、主管地方税务局将代征税款征收入库时，应统一使用地税系统征收票据，并由主管地方税务局负责有关收入对账、核算和汇总上报工作。
五、各地国家税务局和地方税务局要认真落实和加强信息交换制度。主管地方税务局应将代征的企业所得税入库信息，及时传送给主管国家税务局；应退企业所得税超出主管国家税务局已征部分由地方税务局办理退税事项的，主管国家税务局应当填制《退税（抵税）确认书》，并将应退信息及时传送给主管地方税务局。
六、具体操作办法由各省级国家税务局和地方税务局共同制定。
七、以前年度尚未处理的此类退税事项，按本通知规定执行。
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